Realizó sus estudios en un colegio de los salesianos y, al terminar el bachillerato, viajó a Brasil para ingresar en el noviciado de la congregación. Permaneció allí hasta 1965 y, durante ese tiempo, trabajó también en la misión de Meruri, situada en el actual estado brasileño de Mato Grosso, donde convivió con el pueblo indígena bororo, uno de los pueblos originarios del centro-oeste brasileño.

De regreso en Alemania, Lunkenbein estudió Teología en la casa de formación de los salesianos en Benediktbeuern, también en Baviera. El 29 de junio de 1969 fue ordenado sacerdote por el obispo auxiliar de Augsburgo, Josef Zimmermann.

Sin embargo, Alemania era solo una etapa de su camino. Poco después regresó a Meruri para continuar su trabajo entre los bororo.

El texto afirmaba:«El misionero ha de estar dotado de espíritu de iniciativa, de constancia para llevar a término lo comenzado y de fortaleza para sobrellevar las dificultades; ha de saber soportar con paciencia y valentía la soledad, el cansancio y la esterilidad de su trabajo».

En América Latina, esta renovación coincidió con el auge de la teología de la liberación, una corriente que insistía en el compromiso de los cristianos con los pobres y con la defensa de quienes sufrían explotación, violencia o exclusión. Aunque esta corriente adoptó diversas formas, contribuyó a que muchos misioneros entendieran su labor como una defensa integral de la dignidad humana.

Estas ideas marcaron profundamente el ministerio de Rudolf Lunkenbein. Formó parte del Consejo Misionero para los Pueblos Indígenas y promovió la incorporación de elementos propios de la cultura indígena en la liturgia católica, convencido de que el cristianismo no debía destruir las tradiciones de los pueblos originarios, sino dialogar con ellas.

Su compromiso con los bororo fue tan estrecho que, en 1973, la comunidad lo acogió simbólicamente como uno de los suyos y le dio el nombre de «Pez Dorado».

Lunkenbein aprendió la lengua bororo y colaboró con la comunidad en numerosos aspectos de su vida cotidiana. Una de sus mayores preocupaciones era proteger las tierras tradicionales de este pueblo frente al avance de grandes propietarios rurales que intentaban apropiarse de ellas, un problema frecuente en Brasil durante aquellas décadas.

El conflicto por las tierras terminó desembocando en la violencia. Grandes terratenientes llegaron acompañados de hombres armados para presionar a la comunidad. Durante el enfrentamiento se produjeron disparos.

El 15 de julio de 1976 fueron asesinados Rudolf Lunkenbein y Simão Cristino Koge Ekudugodu, un miembro del pueblo bororo que trató de proteger al sacerdote.

Desde poco después de su muerte, muchos católicos comenzaron a venerar a ambos como mártires, es decir, como personas que entregaron su vida por fidelidad a su fe y a la defensa del prójimo.

En 2016 comenzaron a reunirse documentos y testimonios para abrir la causa de beatificación de Rudolf Lunkenbein y de Simão Bororo. La beatificación es el reconocimiento oficial por parte de la Iglesia católica de que una persona vivió de manera ejemplar la fe y puede ser venerada públicamente en determinadas regiones o comunidades; constituye además un paso previo a una eventual canonización.

El proceso diocesano se inició en Meruri en enero de 2018. A finales de 2025, el dicasterio del Vaticano encargado de las causas de beatificación y canonización emitió un primer dictamen favorable.

Si finalmente ambos son beatificados, se tratará de un hecho inédito en la historia de la Iglesia: por primera vez serían reconocidos conjuntamente un misionero y un miembro del pueblo indígena al que sirvió y con el que compartió la vida.

Este reconocimiento reflejaría también la manera en que Rudolf Lunkenbein entendía la misión: no como la sustitución de una cultura por otra, sino como el anuncio del Evangelio respetando la identidad, la historia y las tradiciones de los pueblos indígenas. Por esa convicción entregó su vida, fiel hasta el final al lema que había escogido para su primera misa: servir y dar la vida por los demás.